Sebagai pura besar, upacara di Pura Kehen berlangsung pada Hari Raya Pagerwesi setiap enam bulan sekali namun, upacara besarnya berlangsung setiap tiga tahun sekali. Pada saat upacara secara bergilir desa-desa pemujanya akan menghaturkan tarian sakral ekenak berupa Baris Dadap, Baris Perasi, Baris Gowaki bahkan dilengkapi pula dengan tarian sakral lainnya yakni Rejang dan Pendet.
Upacara-upacara keagamaan yang diselenggarakan di Pura Kehen dibedakan atas tiga tingkatan upacara yakni tingkatan utama, madya dan nista. Upacara tingkatan utama diselenggarakan setiap tiga tahun sekali yang disebut dengan upacara Ngusaba Dewa. Pada tahun 2012, pelaksanaan upacara ini bertepatan dengan purnama kalima soma umanis wuku medangkungan tanggal 29 oktober 2012. Upacara biasanya berlangsung selama 9 sampai 11 hari. Upacara tingkatan madya secara rutin dilangsungkan di Pura Kehen adalah piodalan yang jatuh pada setiap Buda Kliwon Wuku Sinta atau Pagerwesi. Upacara dalam tingkat nista ini berskala kecil tetapi merupakan kewajiban yang harus dipenuhi setiap saat. Upacara ini rutin diselenggarakkan pada odalan Saraswati, Ulian, Sugi Manik, Purnama Tilem, Kajeng Kliwon serta rainan Buda Kliwon. Tiap-tiap piodalan baik untuk tingkatan utama, madya maupun nista sarana bebantennya dibuat di Pura Kehen.
